Faltam os problemas comuns.

ABS - problemas ocorreram com regularidade até meados de 2007. Apesar da minha ser de 2008 o problema tambem se manifestou. Para reparar são 1500 € na BMW (substituição) com 2 anos de garantia, 400 € numa empresa em Paços de Brandão 2 anos de garantia.
Este problema normalmente acontece quando a manutenção do liquido dos travões não é feita regularmente (todos os anos) e se a mota ficar parada muito tempo.

Timing Chain Tensioner (não sei o nome em português) mas é uma mola que aplica tensão à corrente que controla as valvulas.
Este problema não se aplica aos modelos após meados de 2007. Traduz-se num barulho não muito agradável ao colocar a moto a trabalhar. Resolves tu mesmo e mais 100 eur de peças.
Já que estás com a mão na massa convém também instalar uma guia de protecção dessa mesma corrente, a referida guia custa cerca de 20 € mas os parafusos necessários para voltar a montar custam 35 € (são 18) e esta operação também fazes tu.

caixa de velocidades - casos raros mas aconteceram os suficientes para se poderem mencionar, aqui é mais complicado, um problema que não se consegue prever e que aconteceu com mais frequência nas motos de 2005 e 2006. Após estes anos aconteceu mas foram poucos.
No entanto aquilo fica tudo partido e para substituição são cerca de 2500 € já com os descontos.