Boas;
O problema que estás a sentir é muito comum a quem decide mudar as manetes originais por outras.
A tua principal preocupação deve ser a de verificar a folga do cabo de embraiagem, tem sempre que existir uma folga para garantir que esta não fica a patinar. Essa deve ser a tua principal preocupação.
Quanto a ela bater na pinha de comandos, não há afinação que evite isso.

Já agora, verifica bem o funcionamento da manete de travão. Há casos em que ocorrem bloqueios da roda por esta não funcionar devidamente.