Então deves estar a ler mal, porque por norma os valores já têm o IVA na tabela de valores, no final apenas tem descritivo do valor sem iva e do valor do iva.

Os valores em factura deverão ter sempre o IVA incluído no valor unitário, estando no final o valor total ilíquido (sem IVA) e o respectivo valor do IVA. Caso tenha várias taxas diferentes, também é descriminado no final.