Pneus diferentes afecta o comportamento da moto.
É indiscutível. Até mesmo com pneus do mesmo "modelo" gerações diferentes pode acontecer.
E algumas combinações podem afectar mais do que outras.

Só que... a borracha é cara!
E dependemos dessa preciosidade para somar quilómetros.

Logo... desde que se tenha consciência e adapte a condução de forma adequada, não vejo problema.