Sinceramente, pela descrição da situação pode ser tudo e pode não ser nada...

A questão de ser algo que se nota mais entre o regime das 3k a 4k rotações, pode simplesmente dever-se por ser nesse regime que o motor provoca mais vibração na mota.
De resto, e salvo descrição mais detalhada, pode ser qualquer coisa, desde um irrelevante parafuso solto até ao motor a desmontar-se todo.

Se não o fizeste ainda sugiro uma inspeção mais rigorosa da mota.
Se for algo que só consegues notar em andamento, proponho ires para um local isolado e tentares provocar a ocorrência situação, eventualmente com capacete aberto para uma melhor perceção do local de origem do ruído.

Boa sorte com isso!